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苹果手机短信删除后仍显示有短信的原因可能有以下几点。
1、可能存在短信缓存，一些短信可能已经被删除了，但仍然会出现在通知栏中，可以尝试重启设备，这有助于清除缓存并刷新设备状态。
2、有些短信可能存在于不同的存储位置，例如iCloud或备份中，可以进入设置查看是否开启了iCloud短信功能或是否通过iTunes等进行了备份，这些备份可能包含了已删除的短信。
3、手机系统版本可能存在一些bug，导致短信无法彻底删除，可以尝试更新手机系统或重置短信应用设置来解决这个问题。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系苹果官方客服寻求帮助，他们可以提供专业的指导和建议来解决这个问题。